IMIS - Marine Onderzoeksgroepen | Compendium Kust en Zee

IMIS - Marine Onderzoeksgroepen

[ meld een fout in dit record ] Print deze pagina
Evolutionary Biology & Ecology (ULB)
ebe.ulb.ac.be/ebe/ebe-Welcome.html
De onderzoeksactiviteiten binnen de eenheid Evolutionaire Biologie en Ecologie (EBE) concentreren zich op vijf complementaire thema's in de evolutiebiologie:
  • natuurlijke stoffen die door organismen die hetzelfde milieu delen geproduceerd worden uit hun secundair metabolisme spelen een belangrijke rol in interacties (intra- of interspecifiek). EBE richt zich op feromonen die betrokken zijn bij conspecifieke herkenning onder insecten, maar ook op de rol van chemische stoffen in interacties tussen insecten en planten (chemische verdediging, chemische mimicry);
  • problemen rond het behoud van biodiversiteit worden bestudeerd op lokaal niveau en in ecosystemen van tropische bossen. Op lokale schaal (Brussel en voorsteden) is EBE geïnteresseerd in de verspreiding en het gedrag van bedreigde soorten, waarbij potentiële concurrenten bij hun expansie moeten worden bestudeerd (invasieve soorten). Vleermuizen, vogels en lieveheersbeestjes behoren tot de focusgroepen. In tropische wouden zijn de aandachtsgroepen termieten en mieren, maar ook bomen, waarop de biodiversiteit en de variaties daarvan afhankelijk van de natuurlijke milieuomstandigheden en de invloed van menselijke activiteiten worden geëvalueerd;

  • evaluatie en ontwikkeling van de beschikbare statistische instrumenten om de organisatie van genetische diversiteit te karakteriseren en de betrokken processen te identificeren (genetische drift, verspreiding, mutatie, selectie). Studie van de genetische structuur van samenlevingen en populaties van sociale insecten (mieren, termieten) en de sociale gevolgen daarvan in termen van voortplantingsstrategieën. Er worden fylogeografische studies uitgevoerd op het raakvlak tussen populaties en soorten, om inzicht te krijgen in de geografische verspreiding van genetische variatie en in de mechanismen van soortvorming;

  • het verwerven van een dieper inzicht in de principes die ten grondslag liggen aan de evolutie van dierlijke samenlevingen en de ecologische gevolgen van het sociale leven: organisatie van samenlevingen, voortplantingsstrategieën en conflicten binnen groepen. Deze onderzoeken richten zich op sociale insecten (mieren, termieten), waarbij verschillende benaderingen worden gebruikt zoals gedrag, ecologie en genetica;

  • studies van de alfataxonomie (identificatie en beschrijving van genus en soorten) worden deels uitgevoerd in hun eigen belang (inventarisatie van levende organismen), maar ook als basis voor studies over het inschatten van de biodiversiteit. Het opbouwen van fylogenieën, dankzij genetische instrumenten, maakt het mogelijk evolutieschema's uit te werken voor andere kenmerken: sociale organisatie, gedrag, voortplanting.


Binnen deze onderzoeksactiviteiten zijn de bestudeerde mariene onderzoeksthema's:
  • biologie en behoud van zeeschildpadden;
  • afbakening van mariene soorten aan de hand van moleculaire merkers en morfologie;

  • genome-assemblage en analyses van mariene soorten, met gevolgen voor de visserij in het geval van economisch belangrijke soorten;

  • zoeken naar nieuwe enzymen en andere natuurlijke producten (zoals antibiotica) in het genoom van mariene soorten (bv. sponsgeassocieerde bacteriën);

  • fenotypische en fysiologische plasticiteit van mariene soorten (zoals holobionten van koralen);

  • vergelijkende analyses van genoomgroottes bij mariene organismen, trofische ketens in de zee. De bestudeerde taxa omvatten koralen, geleedpotigen, sponzen en vertebraten (schilpadden, elasmobranchii).


Overkoepelend instituut: Université Libre de Bruxelles; Faculté des Sciences (ULB), meer

    ( 24 peer reviewed ) opsplitsen filter
  • Peer reviewed article Cruz Portorreal, Y.; Beenaerts, N.; Koedam, N.; Reyes Dominguez, O.J.; Milanes, C.B.; Dahdouh-Guebas, F.; Pérez Montero, O. (2024). Perception of mangrove social–ecological system governance in southeastern Cuba. Water 16(17): 2495. https://dx.doi.org/10.3390/w16172495, meer
  • Peer reviewed article Ginevra, L.; Sirot, C.; Campbell, H.; Hermand, F.; Brophy, D.; Flot, J.-F.; Graham, C.T. (2024). Do fish gut microbiotas vary across spatial scales? A case study of Diplodus vulgaris in the Mediterranean Sea. Anim. Microbiome 6(1). https://dx.doi.org/10.1186/s42523-024-00319-2, meer
  • Peer reviewed article Bizic, M.; Brad, T.; Ionescu, D.; Barbu-Tudoran, L.; Zoccarato, L.; Aerts, J.W.; Contarini, P.-E.; Gros, O.; Volland, J.-M.; Popa, R.; Ody, J.; Vellone, D.; Flot, J.-F.; Tighe, S.; Sarbu, S.M. (2023). Cave Thiovulum (Candidatus Thiovulum stygium) differs metabolically and genomically from marine species. ISME J. 17: 340-353. https://dx.doi.org/10.1038/s41396-022-01350-4, meer
  • Peer reviewed article Francis, W.R.; Eitel, M.; Vargas, S.; Garcia-Escudero, C.A.; Conci, N.; Deister, F.; Mah, J.L.; Guiglielmoni, N.; Krebs, S.; Blum, H.; Wörheide, G. (2023). The genome of the reef-building glass sponge Aphrocallistes vastus provides insights into silica biomineralization. Royal Society Open Science 10(6): 230423. https://dx.doi.org/10.1098/rsos.230423, meer
  • Peer reviewed article Steenacker, M.; Tanabe, L.K.; Rusli, M.U.; Fournier, D. (2023). The influence of incubation duration and clutch relocation on hatchling morphology and locomotor performances of green turtle (Chelonia mydas). J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 569: 151954. https://dx.doi.org/10.1016/j.jembe.2023.151954, meer
  • Peer reviewed article Boutet, I.; Alves Monteiro, H.J.; Baudry, L.; Takeuchi, T.; Bonnivard, E.; Billoud, B.; Farhat, S.; Gonzales-Araya, R.; Salaun, B.; Andersen, A.C.; Toullec, J.-Y.; Lallier, F.H.; Flot, J.-F.; Guiglielmoni, N.; Guo, X.; Li, C.; Allam, B.; Pales-Espinosa, E.; Hemmer-Hansen, J.; Moreau, P.; Marbouty, M.; Koszul, R.; Tanguy, A. (2022). Chromosomal assembly of the flat oyster (Ostrea edulis L.) genome as a new genetic resource for aquaculture. Evol. Appl. 15(11): 1730-1748. https://dx.doi.org/10.1111/eva.13462, meer
  • Peer reviewed article Farhat, S.; Bonnivard, E.; Espinosa, E.P.; Tanguy, A.; Boutet, I.; Guiglielmoni, N.; Flot, J.-F.; Allam, B. (2022). Comparative analysis of the Mercenaria mercenaria genome provides insights into the diversity of transposable elements and immune molecules in bivalve mollusks. BMC Genom. 23(1): 192. https://dx.doi.org/10.1186/s12864-021-08262-1, meer
  • Peer reviewed article Ramírez-Portilla, C.; Baird, A.H.; Cowman, P.F.; Quattrini, A.M.; Harii, S.; Sinniger, F.; Flot, J.-F. (2022). Solving the coral species delimitation conundrum. Syst. Biol. 71(2): 461-475. https://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syab077, meer
  • Peer reviewed article Rodriguez Jimenez, A.; Guiglielmoni, N.; Goetghebuer, L.; Dechamps, E.; George, I.F.; Flot, J.-F. (2022). Comparative genome analysis of Vagococcus fluvialis reveals abundance of mobile genetic elements in sponge-isolated strains. BMC Genom. 23(1): 618. https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08842-9, meer
  • Peer reviewed article Vecchioni, L.; Faraone, F.P.; Stoch, F.; Arculeo, M.; Marrone, F. (2022). Diversity and distribution of the inland water decapods of Sicily (Crustacea, Malacostraca). Diversity 14(4): 246. https://dx.doi.org/10.3390/d14040246, meer
  • Peer reviewed article Baird, A.H.; Guest, J.R.; Edwards, A.J.; Bauman, A.G.; Bouwmeester, J.; Mera, H.; Abrego, D.; Álvarez-Noriega, M.; Babcock, R.C.; Barbosa , M.B.; Bonito, V.; Burt, J.; Cabaitan, P.C.; Chang, C.-F.; Chavanich, S.; Chen, C.A.; Chen, C.-J.; Chen, W.-J.; Chung, F.-C.; Connolly, S.R.; Cumbo, V.R.; Dornelas, M.; Doropoulos, C.; Eyal, G.; Eyal-Shaham, L.; Fadli, N.; Figueiredo, J.; Flot, J.-F.; Gan, S.-H.; Gomez, E.; Graham, E.M.; Grinblat, M.; Gutiérrez-Isaza, N.; Harii, S.; Harrison, P.L.; Hatta, M.; Ho, N.A.J.; Hoarau, G.; Hoogenboom, M.; Howells, E.J.; Iguchi, A.; Isomura, N.; Jamodiong, E.A.; Jandang, S.; Keyse, J.; Kitanobo, S.; Kongjandtre, N.; Kuo, C.-Y.; Ligson, C.; Lin, C.-H.; Low, J.; Loya, Y.; Maboloc, E.A.; Madin, J.S.; Mezaki, T.; Min, C.; Morita, M.; Moya, A.; Neo, S.-H.; Nitschke, M.R.; Nojima, S.; Nozawa, Y.; Piromvaragorn, S.; Plathong, S.; Puill-Stephan, E.; Quigley, K.; Ramirez-Portilla, C.; Ricardo, G.; Sakai, K.; Sampayo, E.; Shlesinger, T.; Sikim, L.; Simpson, C.; Sims, C.A.; Sinniger, F.; Spiji, D.A.; Tabalanza, T.; Tan, C.-H.; Terraneo, T.I.; Torda, G.; True, J.; Tun, K.; Vicentuan, K.; Viyakarn, V.; Waheed, Z.; Ward, S.; Willis, B.; Woods, R.M.; Woolsey, E.S.; Yamamoto, H.H.; Yusuf, S. (2021). An Indo-Pacific coral spawning database. Scientific Data 8(1): 35. https://dx.doi.org/10.1038/s41597-020-00793-8, meer
  • Peer reviewed article Montanari, A.; Cerveau, N.; Fiasca, B.; Flot, J.-F.; Galassi, D.; Mainiero, M.; McGee, D.; Namiotko, T.; Recanatini, S.; Stoch, F. (2021). Stygobitic crustaceans in an anchialine cave with an archeological heritage at Vodeni Rat (Island of Sveti Klement, Hvar, Croatia). International Journal of Speleology 50(1): 1-14. https://hdl.handle.net/10.5038/1827-806X.50.1.2342, meer
  • Peer reviewed article Terrana, L.; Flot, J.-F.; Eeckhaut, I. (2021). ITS1 variation among Stichopathes cf. maldivensis (Hexacorallia: Antipatharia) whip black corals unveils conspecificity and population connectivity at local and global scales across the Indo-Pacific. Coral Reefs 40(2): 521-533. https://hdl.handle.net/10.1007/s00338-020-02049-8, meer
  • Peer reviewed article van der Ven, R.M.; Flot, J.-F.; Buitrago-Lopez, C.; Kochzius, M. (2021). Population genetics of the brooding coral Seriatopora hystrix reveals patterns of strong genetic differentiation in the Western Indian Ocean. Heredity 126(2): 351-365. https://hdl.handle.net/10.1038/s41437-020-00379-5, meer
  • Peer reviewed article Zanvo, M.S.; Salako, K.V.; Gnanglè, C.; Mensah, S.; Assogbadjo, A.E.; Kakaï, R.G. (2021). Impacts of harvesting intensity on tree taxonomic diversity, structural diversity, population structure, and stability in a West African mangrove forest. Wetlands Ecol. Manag. 29: 433-450. https://hdl.handle.net/10.1007/s11273-021-09793-w, meer
  • Peer reviewed article Baudry, L.; Guiglielmoni, N.; Marie-Nelly, H.; Cormier, A.; Marbouty, M.; Avia, K.; Mie, Y.L.; Godfroy, O.; Sterck, L.; Cock, J.M.; Zimmer, C.; Coelho, S.M.; Koszul, R. (2020). instaGRAAL: chromosome-level quality scaffolding of genomes using a proximity ligation-based scaffolder. Genome Biol. 21(1): 148. https://hdl.handle.net/10.1186/s13059-020-02041-z, meer
  • Peer reviewed article Delić, T.; Stoch, F.; Borko, S.; Flot, J.-F.; Fišer, C. (2020). How did subterranean amphipods cross the Adriatic Sea? Phylogenetic evidence for dispersal-vicariance interplay mediated by marine regression-transgression cycles. J. Biogeogr. 47(9): 1875-1887. https://hdl.handle.net/10.1111/jbi.13875, meer
  • Peer reviewed article Stoch, F.; Christian, E.; Flot, J.-F. (2020). Molecular taxonomy, phylogeny and biogeography of the Niphargus tatrensis species complex (Amphipoda, Niphargidae) in Austria. Org. Divers. Evol. 20(4): 701-722. https://dx.doi.org/10.1007/s13127-020-00462-z, meer
  • Peer reviewed article Banguera-Hinestroza, E.; Ferrada, E.; Sawall, Y.; Flot, J.-F. (2019). Computational characterization of the mtORF of pocilloporid corals: insights into protein structure and function in Stylophora lineages from contrasting environments. Genes 10(5): 324. https://dx.doi.org/10.3390/genes10050324, meer
  • Peer reviewed article Celis, J.S.; Wibberg, D.; Ramirez-Portilla, C.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Wilke, T. (2018). Binning enables efficient host genome reconstruction in cnidarian holobionts. GigaScience 7(7): 1-12. https://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giy075, meer
  • Peer reviewed article Dierckxsens, N.; Mardulyn, P.; Smits, G. (2017). NOVOPlasty: de novo assembly of organelle genomes from whole genome data. Nucleic Acids Res. 45(4): e18. https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw955, meer
  • Peer reviewed article Fourdrilis, S.; Mardulyn, P.; Hardy, O.J.; Jordaens, K.; de Frias Martins, A.M.; Backeljau, T. (2016). Mitochondrial DNA hyperdiversity and its potential causes in the marine periwinkle Melarhaphe neritoides (Mollusca: Gastropoda). PeerJ 4: 33 pp. https://dx.doi.org/10.7717/peerj.2549, meer
  • Peer reviewed article Li, X.; Liu, Y.; Tzika, A.C.; Zhu, Q.; Van Doninck, K.; Milinkovitch, M.C. (2011). Analysis of global and local population stratification of finless porpoises Neophocaena phocaenoides in Chinese waters. Mar. Biol. (Berl.) 158(8): 1791-1804. https://dx.doi.org/10.1007/s00227-011-1692-9, meer
  • Peer reviewed article Tzika, A.C.; D’Amico, E.; Mangel, J.C.; Van Waerebeek, K.; Milinkovitch, M.C. (2010). Molecular identification of small cetacean samples from Peruvian fish markets. Conserv. Genet. 11(6): 2207-2218. http://dx.doi.org/10.1007/s10592-010-0106-8, meer
  • Bergacker, S.; Kochzius, M.; Flot, J.-F. (2024). Phylogeography of the semi-pelagic spotted eagle ray (Aetobatus ocellatus), in: Mees, J. et al. Book of abstracts – VLIZ Marine Science Day, 6 March 2024, Oostende. VLIZ Special Publication, 91: pp. 53, meer
  • Dissanayake, P.A.K.N.; Huyghe, F.; Op't Roodt, L.; Akbal Keskin, S.; Bergacker, S.; Kochzius, M. (2024). Assessing the population genetics and connectivity patterns of reef fauna in Sri Lanka to define conservation priorities, in: Mees, J. et al. Book of abstracts – VLIZ Marine Science Day, 6 March 2024, Oostende. VLIZ Special Publication, 91: pp. 70, meer
  • Stoch, F.; Marrone, F.; Bruno, M.C. (2024). Classes Copepoda and Ichthyostraca, in: Maasri, A. et al. Identification and ecology of freshwater arthropods in the Mediterranean Basin. pp. 131-156. https://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-821844-0.00012-0, meer