In de Ontwikkelingsschets 2010 Schelde-estuarium hebben de Bewindslieden een aantal besluiten genomen om tot de uitvoering van de projecten in het kader van de veiligheid tegen overstromen, de toegankelijkheid en de natuurlijkheid te komen. Daarenboven hebben de Bewindslieden een aantal besluiten genomen over de algemene organisatie en verwezenlijking van de projecten.
Er zijn 4 programma’s: veiligheid tegen overstromen, toegankelijkheid, natuurlijkheid en algemeen. Ieder programma bevat een aantal projecten en maatregelen. Voor de programma’s zijn er programmamanagers aangesteld die instaan voor de procesbewaking van de projecten en maatregelen.
Voor de projecten zijn en worden er projectleiders aangesteld. In samenwerking met de bevoegde instanties in Vlaanderen en Nederland dragen zij onderzoek op, zorgen voor begeleiding van dit onderzoek, begeleiden de procedures, zorgen voor de inbreng van belanghebbenden en verzorgen de communicatie over hun project.