Die niederländische Flussseeschwalbenpopulation umfasst derzeit 12.000-13.000 Brutpaare und ist schwerpunktmässig an der Küste verbreitet. Die Bestandsschwankungen während des 20. Jahrhunderts waren im wesentlichen auf antropogene Ursachen zürückzuführen (Eiersammeln, Abschuss und Schadstoffe). Bis heute hat sich die Population von den pestizidbedingten Verlusten während der 1960er Jahre nicht erholt. Auf der Wattenmeerinsel Griend scheint ein Mangel an energetisch hochwertiger Beute und daraus resultierend geringer Bruterfolg die Hauptursache für den derzeitig relativ niedrigen Bestand zu sein
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